В январе 1994 года Учёный совет Якутского государственного университета принял постановление об учреждении научного журнала «Математические заметки ЯГУ» с периодичностью два выпуска в год. Первый номер издания увидел свет в июне 1994 года. Данный журнал стал первым научным периодическим изданием в Республике Саха (Якутия), а также первым профильным математическим журналом на Дальнем Востоке России. Главным редактором журнала был назначен доктор физико-математических наук Егоров Иван Егорович.

В марте 2010 года журнал «Математические заметки ЯГУ» одним из первых в Республике Саха (Якутия) был включен в Перечень рецензируемых научных изданий Высшей аттестационной комиссии (ВАК) для публикации основных результатов диссертаций на соискание учёных степеней кандидата и доктора наук.

С 2014 года журнал издается под настоящим названием «Математические заметки СВФУ» с увеличенной периодичностью – четыре выпуска в год. Журнал продолжает укреплять свои международные позиции: с января 2019 года он индексируется в международной базе данных Scopus, а с ноября 2020 года входит в четвёртый квартиль (Q4) соответствующей предметной категории.

За годы существования в журнале были опубликованы работы учёных из ведущих российских и зарубежных университетов и научных центров, а также исследования сотрудников научных и образовательных учреждений Республики Саха (Якутия). Изданием был внесён значительный вклад в развитие фундаментальных и прикладных математических исследований, а также в подготовку высококвалифицированных научных и научно-педагогических кадров в области математики и математического моделирования. На страницах журнала опубликованы основные научные результаты более 70 кандидатских и около 30 докторских диссертаций.